כנסייה בולטת, גדולה ומפוארת נוספת בירושלים הביזנטית היא כנסיית הניאה (שפירוש שמה: הכנסייה החדשה). כנסייה זו הוקדשה למרים יולדת ישו (יולדת האל – תיאוטוקוס, על פי המסורת הנוצרית) על ידי הקיסר יוּסְטִינְיָאנוּס, שבנה אותה במאה השישית בחלק הדרומי של הגבעה המערבית. כנסייה זו מתוארת במפת מידבא ובכתבים היסטוריים, אך עד לחפירות נחמן אביגד בעיר העליונה בשנות השבעים היא לא הייתה ידועה בשטח. בניגוד לכנסיות רבות אחרות בירושלים, כנסיית הניאה לא הוקמה באתר קדוש שהתרחש בו אירוע חשוב לנצרות. לפיכך יש לחפש הסברים אחרים להקמת כנסייה כה גדולה ומפוארת בירושלים על ידי יוסטיניאנוס.
אמנם ידוע שבתקופה זו הייתה התגברות בפולחן המדונה (מרים, אמו של ישו), ואמנם הקיסר יוסטיניאנוס ידוע כקיסר בנאי, ואכן הסברים אלה עשויים להיות מספקים באשר לסיבות לבניית הניאה, אולם דרך בניית הניאה מעלה אפשרות לסיבה אחרת לבנייתה.
על פי תיאור הבנייה בידי ההיסטוריון פְּרוֹקוֹפְּיוֹס שחי בתקופת יוסטיניאנוס, על פי מסורות נוצריות ובמידה מסוימת גם על פי ממצאים בגבעה המערבית, נראה שלצורך בניית הניאה הובאו אבני בנייה, עמודים וכותרות מהר הבית, שייתכן שהיו חלק מבית המקדש או מחצרותיו. לדעתו של יורם צפריר, העמודים ששימשו לבניית כנסיית הניאה נחצבו בשטח שמצפון לעיר בסלע בעל גוון אדמדם. יורם צפריר סבור שעמוד חצוב בסלע, ששרידיו נמצאו במגרש הרוסים, נועד לשמש בבניית הניאה.
פרוקופיוס מתאר קושי הנדסי בבניית הכנסייה ואת פתרונו:
כי הקיסר יוסטיניאנוס הורה, שתיבנה הכנסייה על הגבעה הגבוהה ביותר, בקבעו את אורך הבניין ואת רוחבו וכן פרטים אחרים. אבל לא היה בה די שטח די צורכי הבניין על פי הנחיות הקיסר, ורבע מן הכנסייה, זה הפונה כלפי דרום וכלפי מזרח, נותר ללא תמיכה. משום כך נהגו הממונים על העבודה על פי תוכנית זו: הניחו את היסודות עד פני השטח, ואז הקימו מבנה שהתנשא כגובה הסלע; וכאשר הרימוהו למפלס אחד עם הסלע, בנו קמרונות על גבי קירות התמך, ואת המבנה התת-קרקעי הזה סיפחו אל יסודותיו האחרים של התחום המקודש (טֶמֶנוֹס). הכנסייה מושתתת איפוא בחלקה על הסלע, ואילו בחלקה האחר היא תלויה באוויר באמצעות שלוחה מלאכותית גדולה, שנוספה לגבעה בהשראת הקיסר...
(פרוקופיוס, על אודות הבניינים V, 6 – כפי שמצוטט: נ' אביגד, העיר העליונה של ירושלים, עמ' 236)
