מסגד אלאקצא הוא מבנה התפילה המוסלמי המרכזי בהר הבית, והוא ניצב בדרום רחבת הר הבית. שמו של המסגד מעיד על זיהוי הר הבית עם המסגד הקיצון, הנזכר כמקום שאליו הגיע מוחמד במסע הלילי. למעשה, רחבת הר הבית כולה מכונה בפי המוסלמים, גם בימינו, מסגד אלאקצא, ובעת התפילות ביום שישי בצהריים המוני מתפללים ממלאים אותה.
על פי המסורת המוסלמית, ראשון המתפללים המוסלמים בחלקה הדרומי של רחבת הר הבית היה הח'ליף עומר, שעלה להר מלווה ביהודי המתאסלם כעב אלאחבאר. בתפילתו זו, מדרום לאבן השתייה, הפריד עומר בין הקיבלות (כיווני התפילה) היהודית והמוסלמית. נראה שכבר בשלב מוקדם הוקם במקום מבנה תפילה צנוע מעץ. מבנה האבן של מסגד אלאקצא נבנה, ככל הנראה, על ידי הח'ליף האומיי אַלְווַלִיד – בנו של עבד אלמלכ, בונה כיפת הסלע. אך ייתכן שאלווליד רק סיים את הבנייה שאביו החל בה. על פי עדותו של נזיר נוצרי שביקר בירושלים בשנת 680, כבר אז ניצב במקום מסגד גדול (ונטול הדר, לטעמו). מסגד אלאקצא נבנה כבסיליקה רחבה, והוא כלל אולם תווך וסיטראות (אולמות צד) מרובות. במהלך התקופות נפגע המבנה פעמים רבות ברעידות אדמה ובחלקן אף נהרס. עקב כך הוא שופץ פעמים רבות וחלקים בו נבנו מחדש בסגנונות בנייה שונים. באופן כללי, המבנה הנוכחי רחב פחות מהמבנה המקורי וכולל פחות סיטראות.
