כמו בתקופת הבית הראשון כך גם בתקופת הבית השני, רוב מערות הקבורה השתייכו למעמד הבינוני-גבוה ושימשו משפחות במשך כמה דורות. בכמה ממערות הקבורה ישנן עדויות להתקבצות של אנשים במסגרת שאינה משפחתית לקבורה, כמו גרים, יהודים מהתפוצות ואולי גם חברי חלק מהכיתות. גם בתקופה זו היה נהוג לקבור בשני שלבים, אך שיטות הקבורה השתנו. במערות הקבורה של ימי הבית השני לא נחצבו דרגשים אלא כוכים, בניצב לקירות.
בשלב מאוחר יותר של התקופה החלו להשתמש במִקְמָרִים (אַרְקוֹסוֹלִיָה – חציבה בקיר בצורת קשת), שחלקם בעלי שוקת חצובה ומשענת ראש. במערות הקבורה התגלו מעט ארונות קבורה מאבן – סַרְקוֹפָגים ותיבות אבן רבות לליקוט עצמות – גְּלוֹסְקָמוֹת.
גודל הגְּלוֹסְקָמָה היה בהתאם לממדים המרביים של עצמות הגוף. רוב הגלוסקמות היו עשויות מאבן גיר רכה והיו בעלות מכסה גמלוני, קמור או שטוח. על הסרקופגים ועל הגלוסקמות היו עיטורים שונים – גיאומטריים, צמחיים וארכיטקטוניים ולעיתים נכתב או נחרת שמו של המנוח. השימוש בגלוסקמות מאפיין אך ורק את שלהי ימי הבית השני, והוא פסק בהדרגה לאחר חורבן ירושלים בשנת 70 לספירה.
פתחי מערות הקבורה היו מרובעים והם נאטמו באבן גולל או בדלת מרובעת. בחלק ממערות הקבורה נחצבה חצר לפני פתח המערה, אשר שימשה להתכנסות.