ככל הפחוות שהיו תחת השלטון הפרסי, גם יהוד מדינתא יכלה לטבוע מטבעות, בולות וטביעות חותם. ואכן מטבעות וטביעות שונות שנמצאו בשטחה נושאות את הכתובת "יְהֻד". תחומי יהוד מדינתא כללו את צפון יהודה בלבד ללא מישור החוף.
שבי ציון לא חזרו לארץ ריקה. ברחבי יהודה המשיכה להתקיים אוכלוסייה יהודית שלא יצאה לגלות בבל וכונתה "העם הנותר". אליה הצטרפו אנשים מיהודה ומבנימין שעבדו את אלוהי ישראל אך לא היו ממוצא יהודי. כלל האוכלוסייה המקומית ביהודה כונתה "עם הארץ". בין שבי ציון לבין עם הארץ התגלו חילוקי דעות בשאלות מהותיות הנוגעות להגדרת הזהות היהודית, לפולחן ולמנהגים.