גזרות אנטיוכוס סיכנו את המשך קיומה של הדת היהודית. היהודים בממלכה הסלווקית התמודדו איתן בכמה דרכים:
- קיום הגזרות – סביר להניח שרוב היהודים קיימו את הגזרות, בין אם מרצון (המתייוונים) ובין אם מחוסר ברירה בגלל האיום על חייהם.
- בריחה – היו יהודים שנמלטו מיהודה והסתתרו במדבר השומרון, ובכך נמנעו מהתנגשות עם שליחי המלך ומקיום הגזרות, בתקווה שעזרת האל תגיע לפני ששליחי המלך יגיעו אליהם.
- קידוש השם – סירוב לקיים את הגזרות גם במחיר החיים. יהודים לא מעטים המשיכו לקיים את מצוות היהדות, סירבו לקיים עבודה זרה או לעבור על המצוות, וסיכנו בכך את חייהם. ידועים סיפורים רבים על יהודים שנהרגו ובלבד שלא יעברו על מצוות היהדות, כמו הסיפור על חנה ושבעת בניה המוזכר בכמה מהמקורות.
- התנגדות אקטיבית (פעילה), מרד – בניגוד לקידוש השם, שהוא התנגדות פאסיבית (הימנעות ממעשה), היו שהתנגדו באופן פעיל לגזרות ופתחו במרד כנגד השלטון הסלווקי. בדרך זו פעל מתתיהו החשמונאי שהנהיג את משפחתו ואת תומכיו להיאבק נגד הצבא הסלווקי ותומכיו ונגד גזרות אנטיוכוס.
על פי המתואר בספר המקבים, המרד החשמונאי פרץ כאשר הגיעה יחידה סלווקית לכפר מודיעין, ששכן בשפלה בשולי אזור יהודה, כדי לכפות על תושביו לקיים פולחן זר. מתתיהו החשמונאי, שהיה כהן ומנכבדי הכפר וסירב לקחת חלק בפולחן, תקף יהודי שניגש אל המזבח לקיים את הפולחן ואת מפקד היחידה. בקוראו ליהודים הנאמנים להצטרף אליו, עזב מתתיהו יחד עם בניו את מודיעין וברח להרים הסמוכים, שם התגוררה אוכלוסייה יהודית תומכת שיכלה לספק להם מחסה. משם החל לנהל מלחמה זעירה (מלחמת גרילה) נגד הצבא הסלווקי, נגד המתייוונים ונגד קיום גזרות השמד של אנטיוכוס.
בתחילה הנהיג מתתיהו עצמו את המרד, אך הוא נפטר אחרי שנה. במקומו המשיך להנהיג את המרד בנו, יהודה המקבי, ואחריו אחיו האחרים. בשנותיו הראשונות של המרד היו המורדים מעטים, בעלי ציוד דל ותמיכת העם היהודי בהם הייתה מצומצמת. בשלבים אלה נשא המרד אופי של תקיפות מקומיות וקטנות ואחריהן בריחה של התוקפים להרים, מחוסר יכולת להתמודדות פנים אל פנים עם הצבא הסלווקי הגדול והמצויד. אולם ככל שהמרד נמשך והצליח, עלתה התמיכה בחשמונאים מצד שדרות רחבות יותר של העם היהודי. לצבא המורדים הצטרפו רבים והוא הפך לצבא סדיר והצליח להתמודד עם הצבא הסלווקי גם בקרבות פנים אל פנים.
הצלחת המרד החשמונאי הייתה נעוצה הן בטקטיקה שבה נקטו מתתיהו ובניו – לוחמה זעירה שניצלה היטב את ההיכרות של הלוחמים היהודים עם השטח ועם תנאיו ההרריים, תנאים שאפשרו מארבים ופשיטות על יחידות הצבא הסלווקי הגדולות והקשות לתנועה; והן בגורמים פוליטיים שלא היו תלויים בחשמונאים, ובעיקר היחלשותה של הממלכה הסלווקית גם כתוצאה מסכסוכים פנימיים וממרידות של עמים נוספים וגם כתוצאה ממאבקים חיצוניים ומעליית כוחה של רומא.
יהודה המקבי ניצח את הצבא הסלווקי בכמה קרבות, והצליח לחסום את רוב הדרכים המובילות לירושלים. ובשנת 164 לפנה"ס, לאחר ניצחון בקרב בית צור (באזור גוש עציון, מדרום לירושלים) ולאחר שהצבא הסלווקי נאלץ לשוב לארצו בעקבות מותו של אנטיוכוס הרביעי ובעקבות הסכסוכים שפרצו על הירושה, הצליחו החשמונאים להיכנס לירושלים, לטהר את בית המקדש ולכונן בה שלטון כמעט עצמאי – אם כי החקרא המשיכה להחזיק מעמד כשבתוכה חיילים סלווקים ומתייוונים. אירועים אלה, ובראשם טיהור המקדש וחידוש עבודת הקורבנות בו, הונצחו בחג החנוכה.
כאשר סכסוכי הירושה בממלכה הסלווקית הוכרעו, שב הצבא הסלווקי ליהודה לדכא את המרד. הסלווקים הצליחו לנצח את החשמונאים בקרב בית זכריה (באזור גוש עציון, מצפון לבית צור) ושמו מצור על ירושלים. אולם הפיכת חצר בסוריה הביאה את הסלווקים להגיע להסכם עם החשמונאים, על פיו בוטלו גזרות אנטיוכוס וליהודים ניתנה אוטונומיה תחת השלטון הסלווקי. חודשים אחדים לאחר מכן, כאשר על כס המלוכה באנטיוכיה עלה מלך חדש ונמרץ, שבו הסלווקים והשתלטו על ירושלים. המורדים נסוגו, אולם כשנוכחו לדעת שהצבא הסלווקי אינו מתחזק – שבו ותקפו אותו והצליחו לנצח ולחזור לירושלים. יהודה המקבי כרת ברית עם רומא, שעודדה מרידות של עמים בשלטון הסלווקי. לפיכך הקצה המלך הסלווקי כוח רב לדיכוי המרד. בקרב שנערך באֶלְעָשָׂה (באזור רמאללה, מצפון לירושלים) נפל יהודה המקבי, והסלווקים הצליחו לחזור לשליטה ביהודה.
נפילת יהודה המקבי לא שמה קץ למרד. אחיו – יונתן ושמעון, המשיכו לארגן את המורדים במדבר יהודה והצליחו תוך כמה שנים לחזק את כוחם ולשוב לנצח. יונתן, שהפך למנהיג המרד, הצליח לנצל את הסכסוכים הפנימיים בממלכה הסלווקית להרחבת תחום שלטונו לעבר הירדן, למדבר יהודה ולשטחים בשפלה, לחיזוק כוחו ולקבלת הכרה מדינית בשלטונו. בשנת 152 לפנה"ס מינה המלך הסלווקי את יונתן למשרת הכהן הגדול, בשנת 150 לפנה"ס קיבל יונתן מהמלך הסלווקי את התואר מושל יהודה, ובכך קיבל הכרה רשמית בשלטונו בירושלים וביהודה. בשנת 143 לפנה"ס נרצח יונתן בידי אחד השליטים הסלווקים, לאחר שנשבה על ידיו.
את מקומו של יונתן מילא אחיו שמעון, שהמשיך את המדיניות מימי אחיו – ניצול הסכסוכים הפנימיים של הממלכה הסלווקית לשם הרחבת תחומי שלטונו לגזר וליפו ולחיזוק מעמדו. בשנת 142 לפנה"ס קיבלה יהודה בראשותו של שמעון הכרה כממלכה עצמאית. בשנת 141 לפנה"ס הצליח שמעון לכבוש את מצודת החקרא בירושלים, שעד אז החזיקה מעמד בכל הניסיונות לכבוש אותה. בכך הצליח שמעון החשמונאי למחות כל זכר לשלטון הסלווקי ביהודה ובירושלים.