מצודת החקרא, שנבנתה על ידי אנטיוכוס הרביעי כדי לבצר את שלטונו בירושלים וכדי לתמוך במתייוונים מול החסידים, החזיקה מעמד כ-28 שנים, שברובן שלטו החשמונאים בירושלים. במצודה היו חיילים סלווקים וגרו בה גם המתייוונים. על פי המקורות ההיסטוריים ספר מקבים א' ויוסף בן מתתיהו, החקרא נבנתה על גבעת עיר דוד ("בעיר התחתונה"). על פי יוסף בן מתתיהו היא הייתה גבוהה מבית המקדש וצפתה לתוך חצרותיו. מיקומה זה הקנה לה שליטה על בית המקדש ועל הגישה אליו, ולכן המנהיגים החשמונאים – יהודה המקבי, יונתן ושמעון ניסו לכבוש אותה פעמים אחדות ללא הצלחה, עד כניעתה לשמעון בשנת 141 לפנה"ס. על פי המקורות, כעבור שנים אחדות הרס שמעון את החקרא עד היסוד ופירק את הגבעה שעליה היא עמדה.
בשאלת איתורה של החקרא עסקו חוקרים רבים, שניסו לאתרה על פי המקורות ועל פי הממצאים הארכאולוגיים. בפני החוקרים עמדו כמה בעיות: ראשית, על פי המקורות שמעון הרס את החקרא עד היסוד – לפיכך אין לצפות למציאת שרידים כלשהם; שנית, המקורות לפעמים נראים כסותרים את עצמם – כיצד מצודה שניצבת בעיר דוד ("העיר התחתונה", על פי יוסף בן מתתיהו) יכולה להיות גבוהה מבית המקדש הניצב על הר הבית העומד בראש הגבעה המזרחית? לפיכך במהלך שנות המחקר עלו הצעות שונות ביחס לאיתורה של החקרא בירושלים. נסקור את ההצעות העיקריות:
- חוקרים אחדים, ובהם מיכאל אבי-יונה, הציעו שהחקרא שכנה על הגבעה המערבית ("העיר העליונה") שהיא גבוהה יותר מהר הבית. חוקרים אלו טענו שהמקורות שגו בתיאור המיקום של החקרא, ובכך הסבירו את הסתירה בין הצעתם לבין המקורות ההיסטוריים. נקודת חולשה נוספת של ההצעה היא ריחוקה של הגבעה המערבית מהר הבית. כזכור, גם את מיקומה של "אנטיוכיה שבירושלים" – אם אכן הייתה עיר פיזית שכזו, היו שהציעו לזהות בגבעה המערבית – אך חפירותיו של נחמן אביגד ברובע היהודי לא תמכו בסברה הזו.
- חוקרים אחרים, ובהם הלל גבע, זיהו את מקומה של החקרא בגבעה המזרחית מצפון להר הבית, במקום שבו עמדה בשלהי ימי הבית השני מצודת האנטוניה, ושבו ניצבה מצודה שהקים השלטון התלמי. מקום זה מוגבה גם בימינו אנו מעל רחבת הר הבית. הצעה זו אמנם מסתמכת על "עקרון ההמשכיות" והיא גם הגיונית מבחינה טופוגרפית, אך היא סותרת גם את התיאור במקורות וגם את התיאור של פירוק הגבעה שעליה עמדה החקרא בידי שמעון.
- כמה חוקרים זיהו את איתורה של החקרא בחלק הדרומי של רחבת הר הבית של ימינו. חלקם הסתמך על ממצאים ארכאולוגיים וחלקם על פרשנות המקורות הכתובים בני התקופה. יורם צפריר הציע שהחקרא ניצבה בפינה הדרום-מזרחית של רחבת הר הבית שנבנתה על ידי הורדוס. אזור זה היה מחוץ להר הבית בתקופה ההלניסטית, לפני ההרחבה של הורדוס. בחומה המזרחית של הר הבית ניתן לזהות "תפר" (מעבר) בין שני סוגים של קירות. יורם צפריר סבר שהוא מעיד על קיומו של פּוֹדיוּם (משטח מלאכותי מוגבה), שעליו עמדה החקרא ואותו פירק שמעון. יהושע שוורץ הציע שהחקרא ניצבה בדרום רחבת הר הבית, בסמוך לאחד הבורות הגדולים המצויים בהר הבית שאותו הוא מזהה עם בור הקר/ חקר הנזכר במשנה.
- מאיר בן דב הציע שהחקרא נבנתה מדרום להר הבית באזור העופל. במקום זה הסלע הטבעי מתרומם מעט ובנייה של בניין גבוה על גביו עשויה לעבור את גובהו של הר הבית. באזור זה זיהה מאיר בן דב בריכת אגירה גדולה ושורה של חדרים שהזכירו לו מבנה צבאי.
- חוקרים נוספים, ובהם בצלאל בר כוכבא, סברו שהחקרא נבנתה, כפי שמתואר במקורות – בעיר התחתונה, בתחומי עיר דוד. ממצאים קטנים אחדים שנמצאו בעיר דוד – קברים הלניסטיים ובעיקר ידיות של קנקני יין ועליהן כתובות המעידות שהיין יוצר באי רוֹדוֹס ("ידיות רוֹדִיוֹת"), שמספר רב שלהן נמצא בעיר דוד – תמכו בסברה שיש לאתר את החקרא במקום זה. היין שיוצר ברודוס נצרך על ידי יחידות הצבא הסלווקי ויהודים לא נהגו לשתות יין זה.
בסוף שנת 2015 טענו דורון בן עמי, יאנה צ'חנוביץ ושלמה כהן, שהם מצאו עדויות ארכאולוגיות לחקרא בחפירות שהם עורכים ב"חניון גבעתי" בעיר דוד. בחפירות נמצאו ביצורים חזקים שתוארכו לתקופת קיומה של החקרא: חומה, מגדל וגם חלקלקה – מדרון משופע למרגלות החומה שמקשה על הגישה לתחתיתה; נמצאו גם כלי נשק סלווקים שנורו מהמצודה החוצה: ראשי חיצים ועליהם מוטבע קילשון – סמלו של אנטיוכוס הרביעי, אבני קלע מעופרת ואבני בליסטראות; כמו כן, נמצאו גם ידיות רודיות ומטבעות של המלכים הסלווקים מתקופת קיומה של החקרא. על פי הממצאים טוענים חוקרים אלה, כי החקרא ניצבה לרוחבה של עיר דוד וחסמה את הגישה לבית המקדש מצד דרום. ממצאים אלה, לכאורה, מביאים את הדיון לידי סיום. עם זאת, גם ממצאים אלה מעוררים שאלות ובעיקר ניגודים למסופר במקורות. ריחוקו של האתר מבית המקדש והעובדה שנמצאו שרידים למבנה שהמקורות מספרים שנהרס עד היסוד, כולל הפודיום שעליו הוא עמד, מקשים במידת מה גם על דעה זו.
