אתר זה נמצא בחלק העליון של המדרון המערבי של גיא בן הינום – אל מול הר ציון – כיום בחצר מרכז בגין. באתר זה חשף הארכאולוג גבי ברקאי שבע מערות קבורה, שתוארכו לשלהי תקופת הבית הראשון, ושנעשה בהן שימוש גם לאחר החורבן.
התקרות והקירות של חלק ממערות הקבורה נפגעו בפעולות חציבה שנערכו במקום מהתקופה הביזנטית והלאה. בתקופה העות'מאנית נסללה במקום דרך, ובתקופת המנדט הבריטי נבנתה בצמוד לאתר הכנסייה הסקוטית.
תוכניתן של המערות בכתף הינום מזכירה את התוכנית הבסיסית שנסקרה קודם, עם שינויים אחדים. המערה המעניינת ביותר היא המערה הדרומית (מערה מספר 24).
במערה זו נחשף חדר (חדר מספר 14) בעל סף מוגבה ובו שני דרגשים בלבד, ללא משכבי ראש או מאספה. בכל דרגש חצוב חריץ עמוק. גבי ברקאי מזהה חדר זה כחדר להכנת הגופות לקבורה.
בחדר מספר 25 נחשף דרגש גדול במיוחד ובו שישה משכבי ראש. בחדר זה נמצאה מאספה, שתכולתה המקורית נשמרה ולא נשדדה, כנראה בגלל התמוטטות של חלק מתקרת המערה. מאספה זו היא המאספה היחידה שנמצאה בירושלים עם תכולה מקורית מימי הבית הראשון. הממצאים במאספה כוללים שרידי שלדים של לפחות 95 נקברים, וחפצים רבים ובהם תכשיטים וחפצים יקרים – המעידים כי המשפחה שהשתמשה במערה הייתה אמידה.
במאספה נמצאו גם ראשי חיצים רבים, והם עשויים אולי להעיד על קבורה של הרוגים מהכיבוש הבבלי וחורבן העיר. מעניין לציין שהקבורה במערה נמשכה כנראה גם לאחר החורבן – דבר שיש בו לרמז על המשך קיומה של אוכלוסייה בירושלים או בסביבתה המיידית גם אחרי חורבן הבית הראשון.