רוב הקברים בני התקופה הם מערות קבורה חצובות בסלע, שבהן נקברו אנשים רבים. סביר להניח שכל מערה כזו שימשה משפחה מורחבת במשך כמה דורות. בין המערות השונות קיימים הבדלים רבים בפאר, אך דמיון רב בתוכניתן ובמנהגי הקבורה המשתקפים בהן. מערות קבורה בשני מקומות בולטות במיוחד בין מערות התקופה:
- שתי מערות הקבורה המפוארות בחצר מנזר סנט אטיין, שמצפון לשער שכם.
- מערות הקבורה בכתף הינום, הנמצאות בחצר המרכז למורשת מנחם בגין.
התוכנית הבסיסית החוזרת במערות הקבורה השונות כוללת חדר קבורה ובו חצובים שלושה דרגשים (אצטבאות, מדפים) בצורת האות ח' לאורך שלושת קירות החדר. מערך זה מזכיר את בתי ארבעת המרחבים שהיו נהוגים בתקופה זו. בחלק מהמערות, למשל במערות בסנט אטיין ובכתף הינום, נחצבו על הדרגשים משכבי ראש בצורת פרסה, המזכירים בצורתם את תסרוקתה של האלה המצרית חתחור.
החוקרים סבורים שבבתי התקופה ביהודה ובמצרים השתמשו במשכבי עץ כאלה כמשענות ראש במיטות. על הדרגש האחורי יש ברוב המקרים שני משכבי ראש – דבר המעיד על קבורת שתי גופות שהושכבו בכיוונים מנוגדים. בכל חדר נחצב בור איסוף גדול מתחת לאחד הדרגשים, ואליו הועברו עצמות הנקברים עם החפצים האישיים ומנחות הקבורה שליוו אותם. החוקרים בימינו נוהגים לכנות בור זה בשם "מַאֲסֵפָה", אם כי שם זה אינו תואם את המתואר בתנ"ך. בדרך זו יכלה מערת קבורה לשמש משפחה אחת במשך דורות רבים.