לאחר מותו של יאשיהו הומלך על יהודה בנו יהואחז. לאחר שלושה חודשים, כאשר שב פרעה נכה ממלחמתו בנבוכדנצר מלך בבל, הוא הדיח את יהואחז – שנתפס כפרו-בבלי – הגלה אותו למצרים ומינה במקומו את אחיו יהויקים.
כארבע שנים מאוחר יותר – בשנת 605 לפנה"ס – הפסידו אשור ומצרים בקרב שנערך בכָּרְכְּמִיש שבמסופוטמיה לנבוכדנצר מלך בבל. ממלכת יהודה שועבדה עתה לאימפריה הבבלית, אך נבוכדנצר השאיר את יהויקים (הפרו-מצרי) על כסאו.
שנים אחדות מאוחר יותר (בשנת 601 לפנה"ס), נכשל נבוכדנצר בניסיונו לכבוש את מצרים – דבר שאולי הביא את יהויקים למרוד בבבלים בעידוד מצרי. מדיניות זו של יהויקים – שעיקרה הישענות אסטרטגית על מצרים ומרידה בבבל – ומאוחר יותר גם של צדקיהו, עוררה התנגדות בכמה חוגים בממלכת יהודה.
בלט בהתנגדותו הנביא ירמיהו. ידועה במיוחד הנבואה שבה הוא יוצא כנגד ראיית העבודה בבית המקדש כחזות הכול – עד כדי אי-קיום המצוות החשובות שבן אדם לחברו:
ד אַל תִּבְטְחוּ לָכֶם אֶל דִּבְרֵי הַשֶּׁקֶר לֵאמֹר: הֵיכַל ה', הֵיכַל ה', הֵיכַל ה' הֵמָּה. ה כִּי אִם הֵיטֵיב תֵּיטִיבוּ אֶת דַּרְכֵיכֶם וְאֶת מַעַלְלֵיכֶם: אִם עָשׂוֹ תַעֲשׂוּ מִשְׁפָּט בֵּין אִישׁ וּבֵין רֵעֵהוּ. ו גֵּר יָתוֹם וְאַלְמָנָה לֹא תַעֲשֹׁקוּ, וְדָם נָקִי אַל תִּשְׁפְּכוּ בַּמָּקוֹם הַזֶּה, וְאַחֲרֵי אֱלֹהִים אֲחֵרִים לֹא תֵלְכוּ לְרַע לָכֶם. ז וְשִׁכַּנְתִּי אֶתְכֶם בַּמָּקוֹם הַזֶּה, בָּאָרֶץ אֲשֶׁר נָתַתִּי לַאֲבוֹתֵיכֶם, לְמִן עוֹלָם וְעַד עוֹלָם. (ירמיהו ז, ד–ז)
בשנת 597, לאחר שנבוכדנצר התחזק, הוא שב לאזור ופנה לדכא את המרד ביהודה. במהלך אירועים אלו מת המלך יהויקים ובמקומו עלה בנו יהויכין לכס המלוכה. בתום שלטון של שלושה חודשים נכנע יהויכין בפני נבוכדנצר. מלך בבל הגלה את יהויכין לבבל ביחד עם האליטות של ממלכת יהודה: אנשי המלוכה, אנשי השלטון, אנשי הדת – כוהנים ונביאים – אנשי הצבא, עשירי הארץ ובעלי המלאכה. גלות זו, שנודעה גם בשם "גלות החרש והמסגר", החלישה את ממלכת יהודה. במקומו של יהויכין מינה נבוכדנצר את דודו – צדקיהו (בנו של יאשיהו) – למלך יהודה.
תחילה נשאר צדקיהו נאמן לבבל והעלה לה מיסים כנדרש, אולם במרוצת השנים התגברו הקולות התקיפים שקראו למרוד בבבל. חולשתו של המלך צדקיהו מול המצדדים במרידה בבבל והיעדרה של האליטה השלטונית המנוסה הביאו לבסוף את צדקיהו למרוד בבבל בשנת 589 לפנה"ס, למרות ניסיונותיהם של הנביא ירמיהו וגדליה בן אחיקם המתונים להניא אותו מכך (למנוע ממנו לעשות זאת).
שנה מאוחר יותר הגיעו הבבלים בהנהגת נבוכדנצר לדכא את המרד. הם כבשו את שטחי ממלכת יהודה, ואחרי כשנתיים של מצור, בשנת 586 לפנה"ס, הבקיעו את חומות ירושלים, החריבו אותה ואת בית המקדש והגלו את מרבית תושביה לבבל. צדקיהו עצמו נמלט מהעיר, אך נתפס באזור יריחו. הוא הובא בפני נבוכדנצר, בניו הומתו מול עיניו ומיד אחר כך ניקרו הבבלים את עיניו.
חשוב לציין שלא כל תושבי ממלכת יהודה הוגלו. על פי התנ"ך, חלק מ"דלת הארץ" לא הוגלתה. למעשה, הפגיעה הבבלית הבולטת ביותר הייתה בירושלים, בבית המקדש ובבית המלוכה. גם האזורים הכפריים של יהודה נפגעו פגיעה קשה. בניגוד למדיניות ההגליה האשורית, הבבלים הותירו את יהודה הרוסה ודלה בתושבים, אך לא הביאו במקום העם הגולה עמים אחרים.
כשליט על "העם הנותר" מינו הבבלים את גדליה בן אחיקם בן שפן הסופר, שקבע את מטהו בעיר מִצְפָּה שבבנימין – אותה עיר ששימשה כבירתו של שאול המלך. גדליה התחיל בארגון החיים מחדש – אך כחודשיים לאחר מינויו הוא נרצח על ידי ישמעאל בן נתניה, שהיה כנראה מבית דוד. רצח גדליה הביא את הקץ על התקווה האחרונה לתקומה מחודשת עד לשיבת ציון – והוא מצוין עד היום בצום גדליה ב-ג' בתשרי.
